Effect of different strategies for excluding duplicate cultures on the correlation between hospital resistance rates and antibiotic consumption.

INTRODUCTION: Studies may underestimate the impact of antibiotics on bacterial resistance when correlating hospital antibiotic use with resistance rates (RRs) that exclude duplicate cultures as duplicates usually include more resistant isolates. Comparing correlations between antibiotic consumption and RRs resulting from different strategies for excluding duplicates could help explore how their exclusion affects such correlations. METHODS: We obtained antibiotics consumption and Pseudomonas aeruginosa susceptibility data from 2017 to 2021 for seven antibiotics and for carbapenems as a group in a university hospital. We calculated RRs using seven different time criteria for excluding duplicates. We assessed the correlations of antibiotic consumption to the same-year and next-year RR rates for the three most distinct rates. RESULTS: Duplicate cultures represented 53.45% of total cultures. RRs were higher when duplicates were included. We compared RRs resulting from excluding all duplicates, excluding duplicates monthly or admitting one culture per day. All antibiotics except meropenem showed a correlation with same-year RRs, either positive or negative, whereas all antibiotics showed a positive correlation with next-year RRs. For same-year and next-year correlations, the criteria with fewer duplicates (and therefore fewer resistant strains) found more correlations. However, the inclusion of duplicates taken at least 1 month apart found the most correlations. Admitting one culture per day found the fewest correlations. CONCLUSIONS: Excluding duplicates from RRs affects the correlation of antibiotics consumption with RRs in P. aeruginosa. Including at least some duplicate cultures in correlation analyses, such as those taken 1 month apart, should be considered.

Infecciones por Elizabethkingia spp. en un hospital universitario: coinfección con SARS-CoV-2 y primer reporte de Elizabethkingia anophelis en Chile / Elizabethkingia spp. infections in a university hospital: coinfection with SARS-CoV-2 and first report of Elizabethkingia anophelis in Chile

INTRODUCCIÓN: Elizabethkingia es un género de bacterias gramnegativas cuya relevancia como patógeno oportunista en hospederos inmunocomprometidos y pacientes críticos ha sido reconocida progresivamente en los últimos años. Este género está compuesto principalmente por E. meningoseptica, E. anophelis y E. miricola. Si bien inicialmente E. meningoseptica fue considerada la especie patógena más relevante, gracias a los avances en las técnicas de identificación microbiológica se ha reconocido a E. anophelis como el principal patógeno de este grupo. OBJETIVO: Caracterizar los casos de infecciones por Elizabethkingia spp. en una red de salud y realizar una breve revisión de esta infección. MATERIAL Y MÉTODOS: Se realizó una revisión de los cultivos positivos para Elizabethkingia spp. en el Laboratorio de Microbiología de la Red de Salud UC-CHRISTUS (Chile) entre los años 2017 y 2021. RESULTADOS: Se obtuvo 17 cultivos positivos correspondientes a siete casos clínicos, todos procedentes de un hospital universitario. Todos los casos poseían factores de riesgo conocidos de infección por Elizabethkingia spp. incluyendo uso de antimicrobianos recientes, por ejemplo, el uso previo de carbapenémicos en 85,7% de los pacientes. Cuatro casos se presentaron en pacientes con neumonía por SARS-CoV-2, una coinfección no previamente reportada en la literatura. Elizabethkingia anophelis fue identificada mediante secuenciación de ARN ribosomal en 80% de las cepas recuperadas, lo que corresponde al primer reporte de esta especie en Chile CONCLUSIÓN: Comunicamos la experiencia clínica de infecciones por este género en un hospital universitario de Chile, incluyendo los primeros casos de coinfección en pacientes cursando neumonía por SARS-CoV-2 y la primera identificación de Elizabethkingia anophelis en Chile.

BACKGROUND: Elizabethkingia is a genus of gramnegative bacteria whose relevance as an opportunistic pathogen in immunosuppressed hosts and critically ill patients has been progressively recognized in recent years. This genus is mainly composed of E. meningoseptica, E. anophelis, and E. miricola. Although E. meningoseptica was initially reported as the most relevant pathogenic species, thanks to advances in microbiological identificaron techniques E. anophelis has been recognized as the main pathogen of this group. AIM: To characterize Elizabethkingia spp.'s infections in a health network and make a brief review of this infection. METHOD: We conducted a review of clinical cultures that were positive for Elizabethkingia sp. in the Microbiology Laboratory of the UC-CHRISTUS Health Network (Chile), between 2017 and 2021. RESULTS: Seventeen positive cultures were obtained corresponding to seven clinical cases, all originating from a university hospital. All cases had known risk factors for Elizabethkingia sp. infection, including recent use of antibiotics. Notably, previous use of carbapenems was present in 85.7% of the patients. Four cases occurred in patients with SARS-CoV-2 pneumonia, a coinfection not previously reported in the literature. Elizabethkingia anophelis was identified by ribosomal RNA sequencing in 80% of the recovered strains, which corresponds to the first report of this species in Chile. CONCLUSION: We report the clinical experience of a university hospital with infections by Elizabethkingia spp., including the first cases of coinfection in patients with SARS-CoV-2 pneumonía and the first identification of Elizabethkingia anophelis in Chile.

[Elizabethkingia spp. infections in a university hospital: coinfection with SARS-CoV-2 and first report of Elizabethkingia anophelis in Chile]. / Infecciones por Elizabethkingia spp. en un hospital universitario: coinfección con SARS-CoV-2 y primer reporte de Elizabethkingia anophelis en Chile.

BACKGROUND: Elizabethkingia is a genus of gramnegative bacteria whose relevance as an opportunistic pathogen in immunosuppressed hosts and critically ill patients has been progressively recognized in recent years. This genus is mainly composed of E. meningoseptica, E. anophelis, and E. miricola. Although E. meningoseptica was initially reported as the most relevant pathogenic species, thanks to advances in microbiological identificaron techniques E. anophelis has been recognized as the main pathogen of this group. AIM: To characterize Elizabethkingia spp.'s infections in a health network and make a brief review of this infection. METHOD: We conducted a review of clinical cultures that were positive for Elizabethkingia sp. in the Microbiology Laboratory of the UC-CHRISTUS Health Network (Chile), between 2017 and 2021. RESULTS: Seventeen positive cultures were obtained corresponding to seven clinical cases, all originating from a university hospital. All cases had known risk factors for Elizabethkingia sp. infection, including recent use of antibiotics. Notably, previous use of carbapenems was present in 85.7% of the patients. Four cases occurred in patients with SARS-CoV-2 pneumonia, a coinfection not previously reported in the literature. Elizabethkingia anophelis was identified by ribosomal RNA sequencing in 80% of the recovered strains, which corresponds to the first report of this species in Chile. CONCLUSION: We report the clinical experience of a university hospital with infections by Elizabethkingia spp., including the first cases of coinfection in patients with SARS-CoV-2 pneumonía and the first identification of Elizabethkingia anophelis in Chile.

Prevalencia del determinante de resistencia plasmídica a quinolonas aac(6’)-Ib-cren cepas de Escherichia coli y Klebsiella pneumoniae productoras de BLEE aisladas en diez hospitales de Chile / Prevalence of plasmid-mediated quinolone resistance determinant aac(6’)-Ib-cr among ESBL producing enterobacteria isolates from Chile an hospitals

Introducción: En Chile no se conoce la frecuencia del determinante plasmídico de resistencia a quinolonas(DPRQ) aac(6 )-Ib-cr en cepas de Klebsiella pneumoniae y Escherichia coli productoras de BLEE. Metodología: Utilizando PCR, RFLP y secuenciación se detectó aac(6 )-Ib y aac(6 )-Ib-cr en cepas aisladas en 10 hospitales chilenos entre 2008 y 2009.Resultados: Este DPRQ fue detectado ampliamente en K. pneumoniae (54%) y E. coli (74%). La CIM50de CIP fue mayor en cepas con aac(6’)-Ib-cr; 8 veces en K. pneumoniae y 4 en E. coli. En 13 cepas deK. pneumoniae y 3 de E. coli se encontraron ambos genes simultáneamente. Conclusión: Este es el primer informe de aac(6’)-Ib-cr en cepas de K. pneumoniae y E. coli productoras de BLEE aisladas en hospitales chilenos distribuidos en una extensión geográflca superior a 2.800 km (AU)

Introduction: The frequency of aac(6 )-Ib-cr gene in ESBL-producing strains of Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli is unknown, in Chile. Methodology: The aac(6 )-Ib and aac(6’)-Ib-cr genes were investigated using polymerase chain reaction(PCR), restriction fragment length polymorphism (RFLP), and sequencing, in strains isolated from 10Chilean hospitals between 2008-2009.Results: The aac(6’)-Ib-cr gene was detected in 54% of K. pneumoniae and 74% of E. coli strains. The CIM50 of CIP was higher among strains harboring aac(6’)-Ib-cr, 8 times higher in K. pneumoniae and 4 times higherin E. coli. Moreover, both aac(6’)-Ib and aac(6’)-Ib-cr were simultaneously found in 13 K. pneumoniae and3 E. coli isolates. Conclusion: This is the first report of aac(6’)-Ib-cr in ESBL-producing strains of K. pneumoniae and E. coliisolated from in-patients in Chilean hospitals located along an area of more than 2,800 Km (AU)

[Prevalence of plasmid-mediated quinolone resistance determinant aac(6')-Ib-cr among ESBL producing enterobacteria isolates from Chilean hospitals]. / Prevalencia del determinante de resistencia plasmídica a quinolonas aac(6')-Ib-cr en cepas de Escherichia coli y Klebsiella pneumoniae productoras de BLEE aisladas en diez hospitales de Chile.

INTRODUCTION: The frequency of aac(6')-Ib-cr gene in ESBL-producing strains of Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli is unknown, in Chile. METHODOLOGY: The aac(6')-Ib and aac(6')-Ib-cr genes were investigated using polymerase chain reaction (PCR), restriction fragment length polymorphism (RFLP), and sequencing, in strains isolated from 10 Chilean hospitals between 2008-2009. RESULTS: The aac(6')-Ib-cr gene was detected in 54% of K. pneumoniae and 74% of E. coli strains. The CIM(50) of CIP was higher among strains harboring aac(6')-Ib-cr, 8 times higher in K. pneumoniae and 4 times higher in E. coli. Moreover, both aac(6')-Ib and aac(6')-Ib-cr were simultaneously found in 13 K. pneumoniae and 3 E. coli isolates. CONCLUSION: This is the first report of aac(6')-Ib-cr in ESBL-producing strains of K. pneumoniae and E. coli isolated from in-patients in Chilean hospitals located along an area of more than 2,800 Km.

Ventajas y problemas de los métodos automatizados de estudio de susceptibilidad in vitro / Advantages and problems of automated antimicrobial susceptibility testing

Los estudios de susceptibilidad constituyen una herramienta de gran utilidad en la terapia exitosa de un paciente infectado. Los sistemas automatizados de identificación y estudio de susceptibilidad ofrecen como principal ventaja la disminución del tiempo requerido en la obtención de los resultados; sin embargo, son de mayor costo que los sistemas manuales convencionales. Los sistemas automatizados presentan además otras ventajas que facilitan y mejoran la calidad técnica de los estudios de susceptibilidad; no obstante, se han descrito restricciones técnicas a su uso para determinados microorganismos y antimicrobianos. Es necesario conocer las ventajas y problemas de estos sistemas y considerarlos al momento de decidir la adquisición de alguno de estos sistemas y que podrían justificar el alto costo de equipamiento y en los insumos, aunque también es recomendable una evaluación local del real impacto clínico que estos sistemas pueden presentar

Inmunogenicidad de una vacuna recombinante anti hepatitis B en personal de salud / Immune response to hepatitis B vaccine in health care workers

El virus de hepatitis B (HB) es capaz de persistir en un porcentaje de los infectados produciendo enfermedad hepática crónica a largo plazo. El personal de salud es un grupo especialmente expuesto a contraer esta infección. Actualmente se dispone de vacunas HB inmunogénicas, eficaces y seguras. Aunque la mayoría de las personas responde de una forma adecuada, un porcentaje bajo no son respondedores. Con el objeto de evaluar la respuesta inmune a una vacuna recombinante e identificar potenciales factores de riesgo de una respuesta inadecuada, se realizó un estudio prospectivo en funcionarios de la salud. A los 6 meses de recibir 3 dosis de vacuna contra HB (0-1-6 meses) se les midió título de anticuerpos contra antígeno de superficie de hepatitis B (anti HBs). Se estudiaron 485 sujetos con una relación mujer: hombre de 2.6:1 y una edad promedio de 35.8 años. De los 485, 409 (84.3 por ciento) funcionarios presentaron niveles mayores de 100 mUI/ml, 55 (11.3 por ciento) mostraron niveles entre 10 y 100 mUI/ml y 21 (4.3 por ciento) bajo 10 mUI/ml (4.3 por ciento). Un análisis multivariado de estos 3 grupos mostró que a mayor edad, los niveles de anti HBs eran menores (p< 0.01). No se encontró esta asociación con sexo e índice de masa corporal. Estos resultados muestran una adecuada inmunogenicidad de la vacuna recombinante ya que 95.7 por ciento de los individuos vacunados presentó niveles anti HBs considerados como protectores (> 10 mUI/ml)

Mecanismos de contaminación de las fórmulas para nutrición enteral / Mechanisms of contamination of formulas for enteral nutrition

Una de las complicaciones más frecuentes de la nutrición enteral es la contaminación de las fórmulas. El objetivo de este trabajo fue evaluar la frecuencia y los mecanismo por los cuales se produce la contaminación en las fórmulas enterales. Se evaluaron dos tipos de fórmulas, una en polvo y la otra líquida estéril, con contenedores reutilizados y estériles. Los resultados demuestran que el mecanismo más importante de contaminación se produce en la central de fórmulas por la manipulación o por el uso de utensilios contaminados. La utilización de contenedores reutilizados contribuye a la contaminación, pero en un menor grado. Las bajadas de los contenedores tienen altos porcentajes de contaminación, superiores al 85 por ciento y no se modifican con el uso de material estéril. Probablemente exista también un mecanismo de contaminación retrógrado

Artritis séptica por psychrobacter phenypyruvicus: primer caso clínico y revisión de la literatura / Septic arthritis due to psychrobacter phenylpyruvicus: first case and literature review

Reportamos el caso de un hombre de 70 años con antecedentes de diabetes mellitus tipo 2, hipertensión arterial y una insuficiencia renal en hemodiálisis, quien fue hospitalizado por una historia de fiebre durante tres semanas. Se le diagnóstico una artritis séptica de la cadera izquierda, practicándosele un aseo quirúrgico. Los cultivos mostraban crecimiento de un coco-bacilo Gram negativo fastidioso. El paciente fue re-hospitalizado debido a un compromiso de conciencia, un infarto agudo al miocardio y fiebre. La tocomografía axial computada y una resonancia magnética de cerebro estaban normales, al igual que el estudio de líquido cefaloraquídeo. La identificación final del cocobacilo correspondió a P. phenylpyruvicus (anteriormente M. phenylpyruvicus). Se inició tratamiento antimicrobiano con ceftriaxona. El paciente evolucionó en forma tórpida y falleció luego de dos semanas debido a un paro cardio-respiratorio. La familia Moraxellaceae forma parte de la flora normal tanto del tracto respiratorio como del tracto genito-urinario. Existen varias especies descritas en este género: Moraxella catarrhalis, Moraxella nonliquefaciens, Moraxella atlantae y P. phenylpyruvicus. Ocacionalmente constituye el agente de cuadros infecciosos severos. Existen sólo dos reporte de infecciones por P. phenylpyruvicus, un paciente con pie diabético y otro con endocardiatis infecciosas. Nuestro reporte constituye el primer caso de una artritis séptica causada por este microorganismo

Diagnóstico de diarrea por clostridium difficile: en busca de un enfoque clínico más eficiente / Clinical diagnosis of clostridium difficile diarrhea: searching a more efficient clinical view

Background: The clinical parameters for the suspicion of Clostridium difficile infections, namely the use of antimicrobials and diarrhea, have a low predictive value for the diagnosis. Aim: To search other clinical variables and determine a clinical prediction model for (Clostridium difficile diarrhea. Patients and methods: All patients to whom a Clostridium difficile study was requested, were prospectively studied during 5 months. Clinical variables of these patients were registered. The diagnosis of Clostridium difficile was done using the cytotoxicity test in fibroblast cultures. Results: Ninety two patients were analyzed and in 26, the diagnosis of Clostridium difficile was confirmed. A logistic regression model disclosed an age over 60 years old, the presence of mucus in the stools and a temperature over 37.8 ­C in the previous 24 h, as significant predictors of the infection. The correlation of the model, between the predicted probability and the observed condition, was 81.5 per cent. Conclusions: The presence of the clinical variables identified in this study are associated with a high probability of an infection by Clostridium difficile in patients with diarrhea and the recent use of antimicrobials

Diagnóstico rápido de dos casos de mucormicosis con tinción de blanco de calcoflúor / Rapid diagnosis of mucormycosis with calcofluor white stain: report of 2 cases

El diagnóstico precoz de la mucormicosis es de vital importancia para el manejo del paciente, definiendo extensión y radicalidad de la cirugía. El diagnóstico se basa en la demostración del hongo en biopsias, por examen directo con KOH, o con tinciones clásicas como hematoxilinaeosina, ácido peryódico o tinción de plata. Otra técnica útil y de poca difusión en nuestro país es el blanco de calcoflúor, tinción fluorescente que se une a la quitina y celulosa de la pared fúngica. Se describen 2 casos de mucormicosis, en los cuales el diagnóstico inicial se realizó a través de esta técnica. En forma rápida e intraoperatoria se visualizaron bajo microscopio de fluorescencia hifas anchas no septadas características de los hongos pertenecientes a la Orden Mucorales. La observación de las estructuras fúngicas resultó fácil y discriminatoria. Posteriormente por cultivo fueron confirmados como Rhizopus spp

Resultados de la aplicación del protocolo basado en screening para la búsqueda de streptococcus agalactiae en el tercer trimestre del embarazo: posible impacto sobre la sepsis neonatal precoz por este agente / Perfomance of a streptococcus agalactiae universal screening protocol during the third thrimester of pregnancy: implications in reducing neonatal group b streptococcal sepsis

Streptococcus agalactiae (SGB) es la principal causade sepsis neonatal precoz (SNP). Recientemente el CDC ha planteado tratar sólo pacientes con factores de riesgo o detectar a las portadoras realizando cultivo vaginal-perianal en el 3º trimestre del embarazo (screening universal). En nuestro hospital hasta el año 1999 sólo se trataba a las pacientes con factores de riesgo, presentado en el bienio 1997/1998 una tasa de SNP por SGB de 1,84/1.000 nacidos vivos. Entre octubre 1999 y noviembre 2000 se aplicó screening unieversal encontrándose 20 por ciento de portadoras. En el período de estudio hubo dos casos de SNP por SGB: un prematuro y un R.N. de término sin factor de riesgo a cuya madre no se le tomó cultivo. La incidencia del período fue de 0,73/1.000 R.N. vivos, lo que indica una disminución de 61 por ciento con respecto al período previo

Encuesta sobre los métodos de diagnóstico microbiológico de la infección urinaria / Survey on methods for the microbiological diagnosis of urinary tract infection

La infeccióm del tracto urinario (ITU), patología infecciosa altamente prevalente, debe ser confirmada por un diagnóstico microbiológico. El Comité de Microbiología Clínica de la Sociedad Chilena de Infectología realizó una encuesta retrospectiva para conocer la situación actual de algunos laboratorios asistenciales sobre metodología y criterios diagnósticos empleados empleados en el diagnóstico de ITU. Respondieron la encuesta 15 centros hospitalarios y laboratorios privados recopilándose información sobre 49.632 urocultivos. Es destacable que la totalidad de los laboratorios consideraron como criterio microbiológico de ITU un recuento microbiano > 100.000 ufc/ml. No fue posible analizar datos con recuentos inferiores por no disponerse de datos métodos sobre obtención de muestra, resultados del estudio microscópico (sedimiento urinario) concominate y sintomatología clínica. Utilizando este criterio diagnóstico la positividad varió entre 2,3 por ciento en varones y 33 por ciento en mujeres, porcentajes con una mayor dispersión en niños. Sólo 13 por ciento de las intituciones procesaron la muestra de orina en conocimiento del tiempo transcurrido desde la obtención de la muestra. Todos los laboratorios utilizaron el mismo criterio para considerar contaminada una muestra: > 3 microorganismo; algunos de ellos registraron 17 por ciento de contaminación. Si bien esta encuesta fue retrospectiva limitando la calidad del diagnóstico de situación, ella motivó al Comite de Microbiología Clínica a elaborar recomendaciones para el diagnóstico microbiológico de la infección urinaria

Evaluación de métodos diagnósticos para sífilis congénita / Evaluation of diagnostic methods for congenital syphilis

La sífilis congénita es un problema relevante en nuestro país. Actualmente no existen exámenes de uso rutinario que permitan confirmar su diagnóstico. En este estudio prospectivo multicéntrico se evaluaron 60 binomios madre-RN que presentaban test no treponémicos (TNT) reactivos. En todas las muestras se realizaron 2 TNT (VDRL y RPR) y 7 test treponémicos (TT): dos evaluaban IgM, uno IgG y cuatro IgM + IgG. La concordancia entre los tests que evaluaban IgG o IgG + IgM fue de 90 por ciento y entre los que evaluaban IgM fue de 87,5 por ciento. Un resultado IgG positivo se observó en 100 por ciento de los binomios cuyas madres presentaron sífilis durante el embarazo o portaban serología residual. La IgM fue positiva en 64 por ciento de las madres con sífilis adecuadamente tratada durante el embarazo, siendo sus neonatos todos IgM negativa. Aquellas madres con un tratamiento inadecuado tuvieron IgM positiva en 82.3 por ciento y sus RN tuvieron IgM positivas en 11,8 por ciento. En conclusión, la IgM materna no aporta al diagnóstico de sífilis congénita, pues su positividad no se correlaciona con el riesgo de que el RN presente este cuadro. La Igm en el RN es útil para el diagnóstico precoz de sífilis congénita, pero su ausencia no descarta esta patología

Métodos automatizados: ventajas y desventajas / Automated methods: advantages and disadvantages

Los estudios de susceptibilidad constituyen una herramienta de gran utilidad en la terapia exitosa de un paciente infectado. Los sistemas automatizados de identificación y evaluación de susceptivilidad ofrecen como principal ventajas la disminución del tiempo requerido en la obtención de los resultados; sin embargo, son de mayor costo que los sistemas manuales convencionales. Estudios de costo/beneficio han mostrado que disponer de un resultado hasta 12 horas antes, reduce los costos en antimicrobianos, reduce los días de hospitalización en unidades de cuidados intensivos y reduce el costo y de imágenes. Sin embargo, en todos estos estudios se contaba con un sistema de informe de exámenes que permitía la obtención oportuna de los resultados y la disponibilidad de los médicos clínicos para realizar los cambios de terapia en cualquier momento del día. Estos son los aspectos más importantes a considerar al momento de decidir la adquisición de algunos de estos sistemas y que podrían justificar el alto costo de equipamiento y de los insumos